Le village est mentionné pour la première fois dans les archives en 1171 sous le nom de Wilderceldenheim. La présence d’un tumulus très imposant appelé Liberain à proximité du village laisse supposer une présence humaine dès le VIIe ou VIe siècle avant notre ère.
Lors de travaux de terrassement en 1909, plusieurs sépultures mérovingiennes ont été mises à jour rue de Rossfeld. Au 7è et 8è siècle, des Frisons se sont établis à Friesenheim et Witternheim. Les deux communautés ont érigé une église mère appelé Neukirch, puis Neunkirch, à mi-chemin des deux localités. Possession des seigneurs de Rathsamhausen, Witternheim fut vendu à la famille Mueg de Boofzheim en 1498.
En 1632, le village est saccagé et incendié par les forces suédoises de Général Horn. Abandonné, il renaîtra de ses cendres quelques années plus tard avec le retour de plusieurs familles et l’arrivée d’immigrants allemands et suisses. La lignée des Mueg s’éteint en 1684 et plusieurs familles de la noblesse de Basse-Alsace se partageront Witternheim (Widern à cette époque) jusqu’à la Révolution.